Dopo la fondazione dell’Accademia avvenuta sotto la reggente d’Etruria, Maria Luisa, il presidente Giacomo Sacchetti ottenne dalle nuove autorità francesi una sede nell’ex convento dei Francescani a Figline dove iniziarono a formarsi i nuclei della futura Biblioteca Poggiana e del museo Paleontologico.
Le raccolte di fossili beneficiavano nel Valdarno delle ricerche promosse da Luigi Targioni Tozzetti nei suoi viaggi sul territorio, ma anche delle molte donazioni private, tra cui una raccolta di fossili che il monaco vallombrosano Domenico Molinari donato al suo amico Sacchetti.
Nel 1809 visitò la collezione Georges Cuvier, che stava compiendo in Italia, su incarico di Napoleone, il suo viaggio di ricognizione e di riorganizzazione del sistema scolastico. Il nome di Cuvier, che lavorò ad una prima classificazione dei fossili, rimarrà da allora in avanti come un prestigioso marchio d’origine esibito nella lunga storia del Museo.
Nei decenni seguenti il Museo, ormai ospitato nella nuova sede di Montevarchi e aperto al pubblico nel 1829, andò incrementandosi con nuove acquisizioni incoraggiate dai premi in denaro che l’Accademia attribuiva ai contadini che segnalavano i ritrovamenti.
A questa rete di relazioni locali si aggiungeva con i decenni dell’Ottocento la frequentazione continua di studiosi eminenti di ogni parte del mondo (dal Brocchi, al Falconer, al Major tanto per citare alcuni dell’800) a Ristori, D’Ancona e soprattutto Giovanni Capellini, studioso di fama internazionale, che resse l’Accademia per circa trent’anni.
Le acquisizioni si sono susseguite nel corso degli anni fino alla recentissima musealizzazione del fossile di Mammuthus meridionalis scoperto e scavato nel 2017 presso Terranuova Braccioni, l’ultimo arrivato di una storia di secoli.